[longomatch]

En Linux mkbundle no es una opción realmente interesante porque tienes un gestor de paquetes que gestiona las dependencias.

La idea de usar mkbundle en Windows es para crear un enjaulado en torno al directorio de ejecución de tu programa y de esta forma poder empaquetarlo todo junto sin necesidad de instalar dependencias externas (Gtk, Cairo, Glib, Mono). Esta opción es muy buena en Windows porque permite tener todo en un mismo instalador, reduciendo su tamaño y a la vez tener todas las dependencias en un mismo directorio.
¿Qué pasaría si después de instalar chronojump un usuario borra Mono por despiste?
¿Porqué debería seguir instalado Mono después de desinstalar chronojump? ¿Qué pasaría si el usuario instala, a parte de Mono, una versión de GTK antigua (o incompatible), y se usase esa, en vez de la que proporciona Mono, por estar su directorio 'bin' antes en la variable PATH?
Windows plantea un serie de problemas en cuanto a dependencias que es mejor evitar con un enjaulado.
Lo que hace mkbundle es juntar en el ejecutable todos lo ensamblados C# que se usan (System, Mono.Unix, Gtk, Glib, etc...), luego habría que copiar manualmente todas las dependencias, como son las dll's especificas de Glib y Gtk y Mono.
Como voy a hacer las pruebas de la nueva versión, pruebo también a hacer este tipo de empaquetado y te lo mando para lo pruebes y opines qué te parece.